PathoChip是周集中教授及其團隊于2013年成功研發的針對病原微生物的功能基因芯片,用于檢測多種環境當中病原以及與致病相關的微生物群落的功能組成和結構,進而探討和評估威脅人類和動植物健康的微生物群落的致病潛能。
該芯片針對16,762個確認的致病和毒性相關基因序列,共設計了3,715個探針,特異性檢測1,397個病原微生物物種(2,336個菌株)中7,417個蛋白編碼序列,共涵蓋了13個關鍵的致病和毒性因子。
與基于測序的宏基因組數據相比,GeoChip數據簡單易懂,可直接用于各類統計分析,有助于結果的解讀和比較
該芯片已對土壤、海水和人體唾液樣品進行了實驗測試,結果表明,平行樣品間結果具有很高重現性
PathoChip芯片是根據病原微生物相關的各類功能基因設計的特異性探針,可專一地檢測單個特定的功能(序列)
PathoChip芯片所針對的病原微生物群落功能十分全面,包括了如附著、定植、遷移、入侵、毒性、免疫逃脫和鐵離子攝取等相關的多種病原微生物
樣品采集
核酸(DNA/RNA)提取
核酸檢測
熒光標記
芯片雜交
芯片掃描與成像
DNA或cDNA
RNA
60K/180K
60K/180K
55個工作日
65個工作日